La città è stata in origine fondata dai Cartaginesi, ed era sede vescovile già nel IV secolo.
Ciutadella fu ripresa nel 1287 durante la reconquista dalle forze di Alfonso III, divenne parte della Corona d'Aragona. Durante il Medioevo, trasformandosi in un importante centro d'affari.
Il 9 luglio 1558 i Turchi sotto il comando dell'ammiraglio ottomano Ariadeno Barbarossa con una potente armata turca con una flotta di 140 navi e composta da 15 000 soldati, misero sotto assedio la città per otto giorni, riuscirono ad entrare e decimarono la popolazione. La città era difesa solamente da poche centinaia di uomini. Tutti i 3099 abitanti di Ciutadella che erano sopravvissuti all'assedio furono portati schiavi in Turchia assieme ad altri abitanti dei centri vicini. In totale 3452 persone furono vendute in schiavitù al mercato degli schiavi di Constantinopoli.